马来西亚海关对于进出口的限制通常与宗教相关，投资者对于海关制度知道，可以规避不必要的商业风险和投资阻碍。

  《海关法》《海关进口管制条例》《海关出口管制条例》和《海关估价规定》是马来西亚对外贸易中与海关相关的主要法律。马来西亚皇家海关署（Royal Malaysian Customs，简称KDRM）管理商品的进出口、过境货物清关、边境控制以及贸易便利化。

  马来西亚实行自由开放的对外贸易政策，部分商品的进出口会受到许可证或其他限制。马来西亚的进口壁垒旨在保护敏感产业或战略产业，也有的是出于维护文化和宗教规范的目的。例如进口肉类和家禽的认证，所有进口的牛肉、羊肉和家禽产品必须来自经认证或可以消费的设施。只有在马来西亚农业兽医服务局（DVS）签发进口许可证的情况下，猪肉和猪肉产品才能进口到马来西亚。所有向供应的肉类、加工肉制品、禽肉、蛋和蛋制品必须通过认证，牛、羊、 家禽的屠宰场以及肉蛋加工设施一定要活得发展署（JAKIM）的检验和批准。

  海关申报表填好后，应当提交至货物进出口地海关。所有对进口货物征收的关税都需要在产品放行前支付。要缴纳的税款包括进口税和销售税。

  马来西亚实行出口许可制度。马来西亚仍保留着为某些行业产品的出口提供补贴的税收计划，也在一些产业限制特定商品的出口。对于纺织品等产品，出口许可制度可确保遵守双边出口限制协定。对于大宗商品或矿产资源的出口，如橡胶、木材、棕榈油和锡，则需要得到政府机构的特别许可。马来西亚政府希望能够通过对出口征税，以鼓励国内加工。

  马来西亚关税有两种归类系统：一种用于东盟内部贸易，税号为6位数字；另一种用于与其他几个国家的贸易。

  马来西亚海关规定自2018年10月1日起，所有从马来西亚进出口及中转的货物，客户必须要提供样单中货物描述部分正确的6位货物HS编码。缺失HS编码或信息有误，将会影响货物在马来西亚清关放行，并会造成海关罚款或其他责任后果。

  马来西亚的关税通常以增值为基础征收，关税税率在0%到50%之间，平均税率约为6%。高关税主要是向酒精、葡萄酒、家禽和猪肉征收。进口到马来西亚的货物还需被征收消费税。出口税方面，由于马来西亚是区域全面经济伙伴关系协定（RCEP）的成员国，如向东盟国家出口的产品如果属于根据RCEP免征关税的产品，则该当地企业可免于缴纳出口税。

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